Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• fr.ens.biologie.genomique.aozan,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.legacy,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.log,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.nanopore,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.samplesheetconverter,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.interop,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.stats,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.demux,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqc,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.illumina,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.io,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample,
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.util

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.AbstractFastqCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.FastQCCollector
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.FastqScreenCollector
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.SubsetFastqCollector
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.UndeterminedIndexesCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.AbstractGlobalTest (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.GlobalTest)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.AbstractSimpleGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.BaseCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.CycleCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.LaneCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.LoadingConcentrationPercentGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.MeanPFClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.MeanPhiXRawClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.MeanRawClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.MedianPFClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.MedianPhiXRawClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.MedianRawClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.NonIndexedBaseCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.PFClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.PFClusterPercentGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.PFClusterSDGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.PhiXAlignPercentGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.PhiXRawClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.PhiXRawClusterSDGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.RawClusterCountGlobalTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.RawClusterSDGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.ClusterDensityGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.ClusterDensityPFGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.ErrorRateGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.OccupancyPercentGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.ProjectCountGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.Q30PercentGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.SampleCountGlobalTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.UndeterminedClusterPercentGlobalTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.AbstractIlluminaDemuxDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.Bcl2FastqIlluminaDemuxDataProcessor
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.BclConvertIlluminaDemuxDataProcessor
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.AbstractLaneTest (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.LaneTest)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.AbstractSimpleLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.ClusterDensityLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.ClusterDensityPFLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.Cycle100ErrorRateLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.Cycle20IntensityPercentLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.Cycle35ErrorRateLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.Cycle75ErrorRateLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.DensityLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.ErrorRateLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.FirstCycleIntensityLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.OccupancyPercentLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.PFClusterCountLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.RawClusterCountLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.YieldLaneTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.YieldPFLaneTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.PFClusterPercentLaneTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.PhasingPrephasingPercentLaneTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.PhiXAlignPercentLaneTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.PhiXRawClusterCountLaneTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.Q30PercentLaneTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.AbstractPooledSampleTest (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.PooledSampleTest)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.AbstractSimpleSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.FastQScreenMappedExceptRefPercentPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.FastQScreenMappedPercentPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.GenomeNamesPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.IsIndexedPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.LaneCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.MaxPFClusterCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.MaxRawClusterCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.MinPFClusterCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.MinRawClusterCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.PFClusterCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.PFClusterRecoveryCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.RawClusterCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.RawClusterRecoveryCountPooledSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.SampleCountPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.FastQScreenReportPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.FastQScreenSampleOvercontaminationCountPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.InProjectPercentPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.InRunPercentPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.PFBaseMeanQualityScorePooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.PFPercentPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.Q30PercentPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.RecoverablePFClusterPercentPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.RecoverableRawClusterPercentPooledSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.SampleInPoolCountPooledSampleTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.AbstractProjectTest (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.ProjectTest)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.AbstractSimpleProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.FastQScreenSampleOvercontaminationCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.GenomeNamesProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.IsIndexedProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.LaneCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.MaxPFClusterCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.MaxRawClusterCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.MinPFClusterCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.MinRawClusterCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.PFClusterCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.RawClusterCountProjectTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.SampleCountProjectTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.FastQScreenReportProjectTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.MultiQCReportProjectTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.RecoverablePFClusterPercentProjectTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.RecoverableRawClusterPercentProjectTest
  • uk.ac.babraham.FastQC.Modules.AbstractQCModule (implements uk.ac.babraham.FastQC.Modules.QCModule)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqc.AbstractQCModuleAozan
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.samplesheetconverter.AbstractSampleSheetConverter
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.samplesheetconverter.IlluminaSampleSheetConverter
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.samplesheetconverter.NanoporeSampleSheetConverter
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.AbstractSampleTest (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.SampleTest)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.AbstractFastQCSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCAdapterContentSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCBasicStatsSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCDuplicationLevelSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCKmerContentSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCNContentSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCOverrepresentedSequencesSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCPerBaseQualityScoresSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCPerBaseSequenceContentSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCPerSequenceGCContentSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCPerSequenceQualityScoresSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCPerTileSequenceQualitySampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQCSequenceLengthDistributionSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.AbstractSimpleSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQScreenMappedExceptRefGenomeSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQScreenMappedPercentSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.GenomeNamesSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.PFClusterCountSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.RawClusterCountSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.RecoverablePFClusterCountSampleTest
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.RecoverableRawClusterCountSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.BasePFMeanQualityScoreSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.ClusterRecoveryReportSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.FastQScreenReportSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.InLanePercentSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.PFPercentSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.Q30PercentSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.RecoverablePFClusterPercentSampleTest
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.RecoverableRawClusterPercentSampleTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.Aozan2Compatibility
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.Aozan2Logger
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.Aozan2QCDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.log.Aozan3Logger
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.AozanCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.legacy.AozanLock
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.log.AozanLoggerFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.AozanTestRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.nanopore.BasecallingModelSelector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.illumina.Bcl2FastqOutput
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.CategoryDataTypeFilter (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.DataTypeFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.CollectorConfiguration
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.CollectorRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.Common
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.Common
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.Configuration
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.RunConfiguration
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.ConfigurationDefaults
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.ConfigurationXMLParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqc.ContaminantFinder
  • uk.ac.babraham.FastQC.Sequence.Contaminant.ContaminantHit
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqc.BlastContaminantHit
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.CopyAndMergeGuppyOutput
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.CSVLineParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.CVSParser (implements java.lang.Iterable<T>)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DataLocation
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DataStorage
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.DataStorageRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DataType
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DefaultRunIdGenerator (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.RunIdGenerator)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.DemultiplexingCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.DemultiplexStatsCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DiscoverNewIlluminaRunDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.DiskUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.DoradoAction (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DoradoONTBasecallingDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.DoubleInterval (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.Interval)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.EmailMessage
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider.EmptyRunConfigurationProvider (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider.RunConfigurationProvider)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.EmptyRunDataProvider (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.RunDataProvider)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.EndIlluminaRunDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.stats.EntityStat
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.interop.ErrorMetricsCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.ExecAction (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.ExternalTool
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.interop.ExtractionMetricsCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.io.FastqSample
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.io.FastqSampleUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.FastqScreen
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.FastqScreenGenomes
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.FastqScreenProjectReport
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.FastqScreenResult
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.FastqScreenSAMParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.FileUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.GenomeAliases
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.Globals
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.Globals
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.GlobalStatsCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.GuppyAction (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.GuppyONTBasecallingDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.IlluminaProcessedRunDataProvider (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.RunDataProvider)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.IlluminaRawRunDataProvider (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.RunDataProvider)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.IlluminaRunIdWrapper
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider.IlluminaSamplesheetRunConfigurationProvider (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider.RunConfigurationProvider)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.IlluminaUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.legacy.IndexGenerator
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.InputData
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.JSONUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.LegacyAction (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.legacy.LegacyRecipes
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.ListAction (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.LongInterval (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.Interval)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.Main
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.MathUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.MultiDataTypeFilter (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.DataTypeFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.MultiQCCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqc.OverrepresentedSequencesBlast
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.ParserUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.PartialDataTypeFilter (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.DataTypeFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.PrimaryAnalysisMetricsCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.util.PseudoMapReduce
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqscreen.FastqScreenPseudoMapReduce
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.QC
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.QCReport
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.QCReportExporter
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.interop.QualityMetricsCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.ReadCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.Recipe
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.RecipeFinder
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.RecipeFinder.RecipePath (implements java.lang.Comparable<T>)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.RecipeXMLParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.demux.ReDemux
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.RSync
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.RunData
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.RunData
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.RunData.PooledSampleComparator (implements java.util.Comparator<T>)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.RunData.ProjectComparator (implements java.util.Comparator<T>)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.RunDataFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.RunDataGenerator
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.RunId
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.legacy.RunIdStorage
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.RunInfoCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.fastqc.RuntimePatchFastQC
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.SamplesheetCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.SampleSheetConvertAction (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.ScoreInterval
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.SendMail
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.SequencerNames
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.SequencerSource
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.SequencerSourceFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.util.ServiceNameLoader<S>
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.ActionService
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessorService
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider.RunConfigurationProviderService
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.RunDataProviderService
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.Settings
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.SimpleDataTypeFilter (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.DataTypeFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.SimpleProcessResult (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor.ProcessResult)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.StatisticsCollector (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.stats.ProjectStatisticsCollector
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.stats.SampleStatisticsCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.StatisticsUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.Step
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.StepsXMLParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.Storages
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.recipe.StoragesXMLParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.StringUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.SubsetFastqThread
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.SyncDataProcessor (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.IlluminaSyncDataProcessor
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.Tar
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.TechnologyDataTypeFilter (implements fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.DataTypeFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.TemplateEmailMessage
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessorTemplateEmailMessage
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.TestConfiguration
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.TestResult
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.Aozan3Exception
      • fr.ens.biologie.genomique.aozan.AozanException
      • java.lang.RuntimeException
        • fr.ens.biologie.genomique.aozan.AozanRuntimeException
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.interop.TileMetricsCollector
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.UndeterminedIndexesProcessThread
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.UnTar
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.Utils
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.XMLUtilsParser
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.XMLUtilsWriter

Interface Hierarchy

• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.action.Action
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.AozanTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.global.GlobalTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.lane.LaneTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.pooledsample.PooledSampleTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.project.ProjectTest
  • fr.ens.biologie.genomique.aozan.tests.sample.SampleTest
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.collectors.Collector
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprocessor.DataProcessor.ProcessResult
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.datatypefilter.DataTypeFilter
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.util.Interval
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.runconfigurationprovider.RunConfigurationProvider
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.dataprovider.RunDataProvider
• fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.RunIdGenerator

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.illumina.Bcl2FastqOutput.Bcl2FastqVersion
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DataLocation.Format
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DataType.Category
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.DataType.SequencingTechnology
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.SequencerSourceFactory.IlluminaModel
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.SequencerSourceFactory.Manufacturer
    • fr.ens.biologie.genomique.aozan.aozan3.util.UnTar.Compression