Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

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• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.hadoopbamcli,
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• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.hadoop,
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• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc,
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.singlecell,
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• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers,
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• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util,
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop,
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker,
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r,
• uk.ac.babraham.FastQC.Report

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.AbstractAction (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.Action)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.AbstractInfoAction
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.FormatsAction
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.InfoAction
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.ModulesAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.ClusterTaskAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.CreateDesignAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.CreateHadoopJarAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.ExecAction
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.ClusterExecAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.ExecJarHadoopAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.HadoopExecAction
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.IntegrationTestAction
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.AbstractEoulsanRuntime
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.HadoopEoulsanRuntime
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.LocalEoulsanRuntime
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.executorinterpreters.AbstractExecutorInterpreter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.executorinterpreters.ExecutorInterpreter)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.executorinterpreters.DefaultExecutorInterpreter
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.executorinterpreters.DockerExecutorInterpreter
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.executorinterpreters.GenericExecutorInterpreter
  • java.util.concurrent.AbstractExecutorService (implements java.util.concurrent.ExecutorService)
    • java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.PausableThreadPoolExecutor
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.AbstractFileGenomeDescStorage (implements fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.GenomeDescStorage)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.storages.DataFileGenomeDescStorage
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.AbstractFileGenomeIndexStorage (implements fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.GenomeIndexStorage)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.storages.DataFileGenomeIndexStorage
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.AbstractFileStorage
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.storages.DataFileStorage
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.AbstractMetadata (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Metadata, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.DesignMetadataImpl (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.DesignMetadata, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSampleMetadataImpl (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSampleMetadata, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.AbstractModule (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Module)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractBAM2SAMModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.BAM2SAMLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.AbstractExpressionModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.hadoop.ExpressionHadoopModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.local.ExpressionLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractFilterAndMapReadsModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.FilterAndMapReadsHadoopModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractReadsFilterModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsFilterHadoopModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.ReadsFilterLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractReadsMapperModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsMapperHadoopModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.ReadsMapperLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractSAM2BAMModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAM2BAMHadoopModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.SAM2BAMLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractSAM2FASTQModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.SAM2FASTQLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractSAMFilterModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMFilterHadoopModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.SAMFilterLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.AbstractSplice2BEDModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.local.Splice2BEDModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.peakcalling.BedToolsModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.CheckerModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.hadoop.CopyDesignAndWorkflowFilesToOutputModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.CopyInputDataModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.CopyOutputDataModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.qc.CountSplicedReadsModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.peakcalling.DeepToolsModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.DefineDataFormatToDownload
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.DESeq2Module
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.DesignModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.DiffAnaModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.DiffanaResultsAnnotationModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.DummyGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.ExpressionResultsAnnotationModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.singlecell.ExpressionToMatrixModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.FailModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.FakeModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.FastQCModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.FirstModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.GalaxyToolModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.GenericStorageGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.GenomeDescriptionGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.GenomeMapperIndexGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.GFFFastaGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.HDFSDataDownloadModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.qc.IDRModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.ImportModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.peakcalling.MACS2Module
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.singlecell.MatrixToCellRangerMatrixModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.MergeInputRepLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.peakcalling.MergePeaksModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.MergerModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.TechnicalReplicateMergerModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.Minimap2IndexGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.MultiQCModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.NormalizationModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.RequirementInstallerModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.RmDupLocalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.singlecell.RSingleCellExperimentCreatorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.ShellModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.SplitterModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.STARIndexGeneratorModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.TerminalModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.TrackHubModule
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.UploadModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.HadoopUploadModule
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.LocalUploadModule
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.AbstractPort (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Port, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.SimpleInputPort (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.InputPort, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.SimpleOutputPort (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.OutputPort, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.AbstractPorts<E> (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Ports<E>, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.SimpleInputPorts (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.InputPorts, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.SimpleOutputPorts (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.OutputPorts, java.io.Serializable)
  • uk.ac.babraham.FastQC.Modules.AbstractQCModule (implements uk.ac.babraham.FastQC.Modules.QCModule)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.EmptyFileQC
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.AbstractRequirement (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.Requirement)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.DockerRequirement
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.PathRequirement
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.RserveRequirement
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.AbstractResourceLoader<S> (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ResourceLoader<S>)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ClassPathResourceLoader<S>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.FileResourceLoader<S>
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.AbstractRExecutor (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.RExecutor)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.ProcessRExecutor
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.DockerRExecutor
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.RserveRExecutor
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.AbstractStep (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Step)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.CommandStep
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.AbstractTaskScheduler (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.TaskScheduler)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.AbstractClusterTaskScheduler (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.ClusterTaskScheduler)
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.BpipeTaskScheduler
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.BundledScriptBpipeTaskScheduler
          • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.HTCondorTaskScheduler
          • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.PBSProTaskScheduler
          • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.SLURMTaskScheduler
          • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.TORQUETaskScheduler
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.DummyTaskScheduler
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.TGCCTaskScheduler
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.HadoopCompatibleTaskScheduler
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.MonoThreadTaskScheduler (implements java.lang.Runnable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.MultiThreadTaskScheduler (implements java.lang.Runnable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.AbstractToolElement (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.ToolElement)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.AbstractParameterToolElement
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.BooleanParameterToolElement
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.SelectParameterToolElement
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.TextParameterToolElement
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.FloatParameterToolElement
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.IntegerParameterToolElement
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.DataToolElement
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.AbstractWorkflow (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Workflow)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.CommandWorkflow
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.ApacheCommonCompressionCodecs
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.BAMMerger (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Merger)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.BAMSplitter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Splitter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.ui.BasicUI
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.CheckStore
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.CheetahInterpreter
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.chipseq.ChIPSeqDataFormats
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.ClusterCombinedTaskScheduler (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.TaskScheduler)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.ClusterJobEmergencyStopTask (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.EmergencyStopTask)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.ClusterTaskScheduler.StatusResult
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.CollectionUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.CombinedTaskScheduler (implements java.lang.Runnable, fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.TaskScheduler)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.CommandWorkflowModel (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.CommandWorkflowParser
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.CommandWorkflowParser.StepOutputPort
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.Common
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.CommonHadoop
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.ConditionalToolElement (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.ToolElement)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.hadoopbamcli.ContextUtil
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.ContextUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.Counters
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFile (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.storages.DataFileDataPath (implements java.lang.Comparable<T>, fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.DataPath)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.DataFileDistCp
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFiles
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFormatConverter
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFormatRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFormats
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.DataList (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.DataMetadataStorage
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.DataUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DefaultDesignReader (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignReader)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.DeprecatedDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.AnnotationDataProtocol
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.DESeq2
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.DESeq2DesignChecker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.Checker, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.DesignBuilder
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.DesignFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.DesignUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.hadoop.DistCp (implements org.apache.hadoop.util.Tool)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.DistributedLock
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.DistributedLocker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Locker, org.apache.zookeeper.Watcher)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.EmergencyStopTasks
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.EmptyToolElement (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.ToolElement)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.Eoulsan1DesignReader (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignReader)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.Eoulsan1DesignWriter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignWriter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.Eoulsan2DesignReader (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignReader)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.Eoulsan2DesignWriter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignWriter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.EoulsanAnnotationUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.EoulsanDockerManager
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.EoulsanLogger
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.EoulsanRuntime
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.EoulsanTranslatorUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.ExecFileLock (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Locker)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.ExecLock (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Locker)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.Executor
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.ExecutorArguments
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentImpl (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Experiment, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSampleImpl (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSample, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.ExpressionCounterUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.ExpressionInputPreprocessor (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.InputPreprocessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.ExpressionMerger (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Merger)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.ExpressionSplitter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Splitter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.FastQCInputPreprocessor (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.InputPreprocessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.FastQCRuntimePatcher
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.FastqMerger (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Merger)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.FastqSequenceFile (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.CounterSequenceFile)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.FastqSplitter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Splitter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.FeatureCountsInputPreprocessor (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.InputPreprocessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.FileCharsets
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.FileDataProtocol
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.storage.FileGenomeMapperIndexer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.storages.DataFileGenomeMapperIndexer
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.FileNaming
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.WorkflowFileNaming
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.FinalExpressionFeaturesCreator
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.GalaxyToolInterpreter
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.GalaxyToolXMLParserUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.GenomeChecker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.Checker)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.generators.GenomeDescriptionCreator
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.GFFChecker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.Checker)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.GTFChecker
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.Globals
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.HadoopBamUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.HadoopCompressionCodecs
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.HadoopInfo
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.HadoopJarRepackager
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.HadoopJobEmergencyStopTask (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.EmergencyStopTask)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.HadoopMappingUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.HadoopReporter (implements fr.ens.biologie.genomique.kenetre.util.Reporter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.HadoopReporterIncrementer (implements fr.ens.biologie.genomique.kenetre.util.ReporterIncrementer)
  • java.util.logging.Handler
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.BufferedHandler
  • uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchiveNeigborClass
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.Infos
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.Infos.Info
  • org.apache.hadoop.mapreduce.InputFormat<K,V>
    • org.apache.hadoop.mapreduce.lib.input.FileInputFormat<K,V>
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.FastqInputFormat
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.SAMInputFormat
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.InputPortsBuilder
  • java.io.InputStream (implements java.io.Closeable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.AbstractConcatInputStream
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.FileConcatInputStream
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.PathConcatInputStream
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignFormatFinderInputStream (implements java.lang.AutoCloseable)
    • java.io.FilterInputStream
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.ByteCountInputStream
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.ProgressCounterInputStream
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.MaxByteInputStream
    • java.io.ObjectInputStream (implements java.io.ObjectInput, java.io.ObjectStreamConstants)
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ClassLoaderObjectInputStream
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.JarRepack
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.ui.LanternaUI (implements com.googlecode.lanterna.terminal.TerminalResizeListener)
  • org.apache.hadoop.util.LineReader (implements java.io.Closeable)
    • org.apache.hadoop.mapreduce.lib.input.SplitLineReader
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.CompressedSplitFastqLineReader
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.LinuxInfo
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.LinuxCpuInfo
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.LinuxMemInfo
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.LockerUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.Main
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.MainCLI
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.MainHadoop
  • org.apache.hadoop.mapreduce.Mapper<KEYIN,VALUEIN,KEYOUT,VALUEOUT>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.upload.DataFileDistCp.DistCpMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.hadoop.ExpressionMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.hadoop.ExpressionSAMOutputMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.HadoopCompatibleTaskScheduler.HadoopCompatibleMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.hadoop.PreTreatmentExpressionMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PreTreatmentMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsFilterMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.ReadsMapperMapper
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMFilterMapper
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.MapperIndexDataFormat (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.MapperInputPreprocessor (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.InputPreprocessor)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.MapReduceUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.ModuleRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Modules
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Naming
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.Normalization
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.DiffAna
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.ui.NoUI
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.OtherLogConfigurator
  • org.apache.hadoop.mapreduce.OutputFormat<K,V>
    • org.apache.hadoop.mapreduce.lib.output.FileOutputFormat<K,V>
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.hadoopbamcli.CLIMergingAnySAMOutputFormat<K>
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.ExpressionOutputFormat
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.FastqOutputFormat
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.SAMOutputFormat
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.OutputPortsBuilder
  • java.io.OutputStream (implements java.io.Closeable, java.io.Flushable)
    • java.io.FilterOutputStream
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.ByteCountOutputStream
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.io.ProgressCounterOutputStream
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PairedEndFastqToTfq
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Parameter (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.PathDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.FTPPathDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.HDFSPathDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.HTTPPathDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.HTTPSPathDataProtocol
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.PathUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.PathUtils.PrefixPathFilter (implements org.apache.hadoop.fs.PathFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.hadoop.PathUtils.SuffixPathFilter (implements org.apache.hadoop.fs.PathFilter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ProcessUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ProcessUtils.ProcessResult
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ProcessUtils.ProcessThreadErrOutput (implements java.lang.Runnable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.ReadsChecker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.Checker)
  • org.apache.hadoop.mapreduce.RecordReader<KEYIN,VALUEIN> (implements java.io.Closeable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.FastqLineRecordReader
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.FastqRecordReader
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.SAMRecordReader
  • org.apache.hadoop.mapreduce.RecordWriter<K,V>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.ExpressionRecordWriter
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.FastqRecordWriter
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.bio.io.hadoop.SAMRecordWriter
  • org.apache.hadoop.mapreduce.Reducer<KEYIN,VALUEIN,KEYOUT,VALUEOUT>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.hadoop.ExpressionReducer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PairedEndFastqToTfq.FastqPairedEndReducer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.expression.hadoop.PreTreatmentExpressionReducer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.PreTreatmentReducer
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMFilterReducer
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.RExecutorFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.diffana.RModuleCommonConfiguration
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.RSConnection
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMHeaderHadoopUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.SAMHeaderHadoopUtils.SAMHeaderWriter
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.SAMMerger (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Merger)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.SAMSequenceFile (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.CounterSequenceFile)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.SAMSplitter (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Splitter)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.SerializableStopwatch (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.kenetre.util.ServiceNameLoader<S>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.ActionService
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.ClusterTaskSchedulerService
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.DataProtocolService
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.InputPreprocessorService
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.ModuleService
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.RequirementService
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.ui.UIService
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.Settings (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepConfigurationContextImpl (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.StepConfigurationContext)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepInstances
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepObserverRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepOutputDataFile (implements java.lang.Comparable<T>)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepResult
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepStateDependencies (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepStatus
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.StorageDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.AdditionalAnnotationDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.GenomeDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.GFFDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.GTFDataProtocol
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TaskContextImpl (implements java.io.Serializable, fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.TaskContext)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TaskResultImpl (implements java.io.Serializable, fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.TaskResult)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TaskRunner
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.TaskSchedulerFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TaskSerializationUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TaskStatusImpl (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.TaskStatus)
  • java.lang.Thread (implements java.lang.Runnable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.AbstractClusterTaskScheduler.ProcessThreadOutput
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Error
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.EoulsanError
    • java.lang.Exception
      • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.EoulsanException
      • java.io.IOException
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mgmt.hadoop.DistCp.DuplicationException
      • java.lang.RuntimeException
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.EoulsanRuntimeException
          • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.EoulsanITRuntimeException
        • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.FileNamingParsingRuntimeException
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Ticket (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.TicketLocker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Locker)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.TicketSchedulerServer (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.TicketScheduler)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TokenManager (implements java.lang.Runnable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.TokenManagerRegistry
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.ToolElementFactory
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.ToolExecutor
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.ToolExecutorResult
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.ToolInfo
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.UIEvent
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.UIStepEvent
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.UITaskEvent
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.UIWorkflowEvent
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.UnmodifiableData (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.Data, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.UnmodifiableExperiment (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Experiment, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.UnmodifiableExperimentMetadata (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentMetadata, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.UnmodifiableExperimentSampleMetadata (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSampleMetadata, java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.URLDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.FTPURLDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.HTTPSURLDataProtocol
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.HTTPURLDataProtocol
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.mapping.hadoop.hadoopbamcli.Utils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.Workflow2Graphviz
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.WorkflowContext (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.WorkflowDataUtils
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.WorkflowEventBus
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.XMLDataFormat (implements java.io.Serializable)
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.ZooKeeperLocker (implements fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Locker, org.apache.zookeeper.Watcher)

Interface Hierarchy

• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.actions.Action
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.checkers.Checker
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.Data
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFileMetadata
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataFormat
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.DataMetadata
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.data.protocols.DataProtocol
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Design
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignReader
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.io.DesignWriter
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.EmergencyStopTask
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.executorinterpreters.ExecutorInterpreter
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Experiment
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSample
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.multiqc.InputPreprocessor
• java.lang.Iterable<T>
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Ports<E>
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.InputPorts
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.OutputPorts
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.Locker
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Merger
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Metadata
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.DesignMetadata
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentMetadata
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.ExperimentSampleMetadata
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.SampleMetadata
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Module
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Port
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.InputPort
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.OutputPort
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Progress
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.TaskStatus
• java.rmi.Remote
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.locker.TicketScheduler
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.requirements.Requirement
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.ResourceLoader<S>
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.util.r.RExecutor
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.design.Sample
• uk.ac.babraham.FastQC.Sequence.SequenceFile
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.modules.fastqc.CounterSequenceFile
• java.io.Serializable
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Step
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.Workflow
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.splitermergers.Splitter
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.StepConfigurationContext
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.TaskContext
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.workflow.StepObserver
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.ui.UI
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.TaskResult
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.TaskScheduler
  • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.core.schedulers.clusters.ClusterTaskScheduler
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.galaxytools.elements.ToolElement

Annotation Type Hierarchy

• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.Generator (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.HadoopCompatible (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.HadoopOnly (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.LocalOnly (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.NoLog (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.NoOutputDirectory (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.RequiresAllPreviousSteps (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.RequiresPreviousStep (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.ReuseModuleInstance (implements java.lang.annotation.Annotation)
• fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.annotations.Terminal (implements java.lang.annotation.Annotation)

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • fr.ens.biologie.genomique.eoulsan.AbstractEoulsanRuntime.EoulsanExecMode
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